В нью-йоркском зоопарке живут четыре друга: лев Алекс, жираф Мельман, бегемот Глория и зебра Марти. Все звери родились в неволе, поэтому своей жизнью они вполне довольны. Не рады жить за решеткой только еще одни обитатели зоопарка - пингвины. Они задумывают побег, но, копая подземный ход в сторону Антарктики, случайно попадают в вольер зебры Марти. Узнав от пингвинов о том, что из зоопарка можно бежать, Марти решает сходить на экскурсию на волю. Напуганные исчезновением друга Алекс, Мельман и Глория отправляются спасать Марти. Всех четверых ловят и, под давлением защитников прав животных, отправляют в Африку, на волю. С таким развитием событий не согласны пингвины. Им не нужно в Африку, они хотят в Антарктику. Пингвины захватывают корабль и разворачивают его в сторону Южного полюса. Во время разворота за борт укатываются ящики с главными героями. Их прибивает к острову Мадагаскар. На этом острове, населенном безумными лемурами, льву, жирафу, зебре и бегемоту предстоит узнать о том, что такое настоящая "дикая природа".
